L’Albufera està envoltada per l’entorn metropolità de València, amb més d’un milió i mig d’habitants, un cinturó industrial i de serveis i un intens ús agrícola. Durant molts anys, les creixents poblacions que envolten la marjal han abocat les seues aigües residuals a la llacuna sense cap tractament o amb una depuració clarament deficient.
Açò, unit a la reducció d’aportacions d’aigua de qualitat, ha contribuït a afavorir l’estat d’eutrofització en el qual encara es troba actualment el llac malgrat els esforços de l’administració pública en matèria de depuració i sanejament duts a terme en els últims anys.
La concentració de matèria orgànica en l’aigua ha conduït a una proliferació molt elevada de microalgues, tenyint L’Albufera d’un verd opac que solament algunes espècies de plantes i animals poden suportar.