La desaparición de las plantas acuáticas sumergidas, que colonizaban toda la laguna, supone el primer paso de la degradación de este ecosistema, al que ha seguido la erosión de las islas de vegetación acuática emergente o matas (refugio de muchas aves), la saturación de la cubeta por lodos, la reducción de especies de peces y otros animales… resistiendo solo comunidades poco exigentes, en detrimento de las especies que precisan de ambientes mejor conservados. L’Albufera de los años 60 queda muy lejos del estado ecológico que se puede ver hoy en día.