L’Albufera está rodeada por el entorno metropolitano de Valencia, con más de un millón y medio de habitantes, un cinturón industrial y de servicios y un intenso uso agrícola. Durante muchos años, las crecientes poblaciones que rodean el marjal han vertido sus aguas residuales a la laguna sin ningún tratamiento o con una depuración claramente deficiente.
Esto, unido a la reducción de aportes de agua de calidad, ha contribuido a favorecer el estado de eutrofización en el que aún se encuentra actualmente el lago a pesar de los esfuerzos de la administración pública en materia de depuración y saneamiento llevados a cabo en los últimos años.
La concentración de materia orgánica en el agua ha conducido a una proliferación muy elevada de microalgas, tiñendo L’Albufera de un verde opaco que solo algunas especies de plantas y animales pueden soportar.